Podle kroniky tzv. Beneše Minority byl benešovský konvent minoritů založen v roce 1247, a to proboštem staroboleslavské kapituly Tobiášem z Benešova. V roce 1294 konvent s celým městem vyhořel, a proto dal Tobiášův nástupce Milota z Dědic klášterní budovu znovu vystavět a rozšířit. Tehdy vznikl nový refektář (společná klášterní jídelna), dormitář (společná klášterní ložnice) a kapitulní síň.